Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/2/2023 hướng dẫn thi hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP và sửa đổi bổ sung Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
Thông tư 13 sửa đổi, bổ sung quy định về "Hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, các tài liệu có liên quan theo trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư" (điểm a.4 khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC).
Cụ thể, đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP, hồ sơ gồm: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
Quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện được áp dụng kể từ ngày Nghị định số 100/2016/NĐ-CP có hiệu lực thi hành theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP của Chính phủ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế GTGT, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP thì việc điều chỉnh thực hiện như sau:
Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định số 118/2021/NĐ-CP. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế GTGT thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính để điều chỉnh lại số tiền thuế GTGT thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.
Số tiền thuế GTGT đã bị thu hồi hoàn (bao gồm trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế GTGT bị thu hồi hoàn với số thuế GTGT phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế GTGT phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh), số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày 14/4/2023 được xử lý theo quy định tại Điều 25 và Mục 2 Chương V Thông tư số 80.
Trường hợp hoàn trả số tiền thuế GTGT bị thu hồi hoàn nộp thừa sau khi đã xử lý số tiền thuế GTGT bị thu hồi hoàn theo quy định tại điểm này được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT.
Thông tư có hiệu lực từ ngày 14/4/2023.
